Die Ruhestätte der Kurfürstin Margarethe von Österreich aus dem Jahr 1486 befindet sich vor den Stufen zum Altar. Die gravierte, mehrteilige, in den Boden eingelassene Bronzeplatte verschließt die Grablege und zeigt Margarethe in einer Witwentracht. Die Kurfürstin war die Mutter der Prinzen Ernst und Albrecht, der Stammväter der späteren Erblinien Ernestiner und Albertiner. Die Grabplatte wird als Frühwerk des Nürnbergers Peter Vischer d.Ä. angesehen oder aber seinem künstlerischen Umfeld zugeschrieben. Eine weitere Ruhestätte ist mit der fürstlichen Gruftanlage gegeben, die als solche seit der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts genutzt wurde und sich über das Nordschiff erschließt.