Von der Johanneshalle aus gelangt man in die „Krypta“ . Sie ist ein aus dem 12. Jahrhundert stammender Bau des Vorgängerbaus der (Saal-) Kirche und gilt somit als das älteste erhaltene „Bauwerk“ Altenburgs. Sie wurde im Jahre 1843 bei Res­tau­rie­rungs­ar­bei­ten wieder­ent­deckt.