Die Orgel wurde vom Weißenfelser Orgelbauer Friedrich Ladegast erbaut und im Jahr 1881 eingeweiht. Anders als die Bronzegedenkplatte für Spalatin fielen die Prospektpfeifen 1917 Kriegszwecken zum Opfer. Nach mehrmaligen Umbauten und Reparaturen erklang die Orgel 1990 wieder in ihrem vollen Umfang. Heute gilt sie als klangliches Denkmal der Romanik.
Ein zumeist übersehener Teil der Kirche ist das so genannte Dreiergewölbe, dem stufenartigen Übergang vom Kirchenraum unter der Orgelempore zum Turm. Dieser stammt noch von der ursprünglichen Basilika und ist neben der Krypta ältester vorhandener „Urbau“.